改行コード(CRLF/LF/CR)だけが違うファイル・データを同一視したい。編集 → 設定 → 比較 → 一般 改行文字の違いを無視する (Windows/Unix/Mac) にチェックをつける。

MySQLのLOAD DATA INFILEで大はまりした話 http://www.infoscoop.org/blogjp/2014/07/23/about-load-data-infile/