エクスプローラ等で適当なファイルを右クリック
→ [TortoiseSVN] → [設定] → [外部プログラム] → [差分ビューアー]
[異なるリビジョンのファイルの比較に使用するプログラムの設定 で [外部]を選び、
テキストボックスに使いたい差分表示プログラムの実行ファイルのパスを入力する。
例えば 「C:\Program Files\WinMerge\WinMergeU.exe」
[...] ボタンでファイル参照ダイアログが開くのでそこから選んでもよい。
なお、スタート → すべてのプログラム → TortoiseSVN → settings でもTortiseSVNの設定画面を開ける。